2013年10月1日，吴尊自称已婚当爸，妻子林丽吟是在一起18年的初恋女友。2014年上半年，吴尊携宝贝女儿Neinei参加《爸爸回来了》亲子节目，奶爸萌娃的有爱互动征服大片网友的心。节目中，吴尊对女儿的照顾无微不至，他罗列的追女儿“十大法则”更是令一众人大呼“亚历山大”。《爸爸回来了》节目播出以来，男神吴尊的女儿小neinei常常给人以“被爸爸宠坏的小公主”形象。节目中，吴尊再次带着女儿来到自己出道的台湾故地重游。懂事的neinei在爸爸打篮球期间主动送水为爸爸加油打气，令吴尊十分感动，一脸“有女万事足”的幸福笑容羡煞旁人。节目播出后观众们纷纷表示，看似骄纵的neinei竟也有如此细致体贴的一面，果然不只是爸爸的小公主、小宝贝，还是一件贴心的“小棉袄”！“没有糖果和奖励的诱惑，neinei对爸爸的爱此刻是最真挚坦白的。”采访中，吴尊透露NeiNei在家很顽皮，经常跑来跑去，而在活动现场，NeiNei有一点害羞，但不会怯场，她时常与老爸吴尊的粉丝挥手打招呼。谈到亲子装，吴尊坦言自己很喜欢，经常会和女儿搭配穿这样温馨可爱的衣服出去玩。
吴欣怡，吴尊给女儿取这个名字是希望她一生都很快乐。"怡是代表快乐，欣就是欣赏的欣。"而Neinei是孩子给自己起的名字，"很好笑"。对于女儿，吴尊坦言："我比太太更宠她，因为不能常陪着她，所以从来不对她发火。即使她做错事的时候，我一看到她看我的眼神，就说不出重话了，感觉心都软化了"。因而，吴尊在Neinei面前好像没有父亲的威严，常会跟女儿嬉闹成一团，做个陪玩的慈父。 "我超爱和她玩，特别夸张地亲她。我会把她拍下来，如果不在家，每次睡觉前一定看她很多视频才睡。"
女儿Neinei在内地走红之后，接到不少片约，但吴尊坦言不想让小朋友接戏。"因为演戏太辛苦了，小朋友还要听导演讲，要有那个情绪。我之前会接《爸爸回来了》是因为桥段全部没有设计过，都非常自然。"至于会不会让女儿出道，吴尊下了"禁令"，"她要入行的话，也要等到她毕业后。因为她一定要读书，才知道兴趣在哪里。假如到时候她真的想要入行的话，一定要叫我做她的经纪人，不然的话没办法。因为我要保护她，不能让她为别人打工。"果然是保护女儿的百分百奶爸！
